第二期「截直取彎」繞進金城公園砍逾百棵老樹，且鄰近金城公園社區、國小，破壞生態環境和休憩空間，噪音恐會嚴重影響土城居民、學童生活品質，民間團體和自救會提告撤銷環差處分及重辦環評想一審敗訴，案件上訴，最高行政法院今駁回上訴，全案確定。

民團及自救會提告指出，捷運萬大線環境影響說明書2008年審核通過，2010年2月經行政院核定，其中位於第二期開發的土城LG11站，經行政院於2018年10月17日核定財務計畫後，應於核定後3年內逕行開發，但捷運局未按原訂計畫在3年內開發，應依法提出環境現況差異分析及對策檢討報告，送環保署審查，但捷運局僅提出環差分析報告。

民團及自救會認為，捷運工程局未辦理環境現況差異分析，即於2022年於3、4月於樹林、土城區進行樹木移植工程，已違反環評法規定；另環評變更，列車改由地下加速駛往高架橋且軌道需在短距離內連續彎曲，增加事故風險增加，且軌道更接近民宅及土城國小，增加噪音、震動，4公尺高隔音牆衝擊景觀，實際使用公園投影面積增加，限縮居民活動空間，並大量移植樹木，土石工程餘土由約24萬立方公尺，暴增至約76萬立方公尺，增設1座變電站，捷運局應就變更部分重辦環評。

環保署2022年5月25日以視訊會議審核修正通過環差報告，民團及自救會不服處分，提訴願被行政院駁回不受理，自救會再提行政訴訟救濟，台北高等行政法院一審判決敗訴。

案件上訴，最高行指出，依文化資產保存法規定，萬大線第二期工程不得妨礙斬龍山考古遺址的保存及維護，北市捷運局進行遺址調查工程，屬開發行為不可或缺的一部分，因此可認已經實質動工，捷運局並沒有於核發開發許可超過3年才開發。

最高行認為，變更後的LG11站，改設置於金城公園內，是為了避免徵收私有民地及加快乘客轉乘捷運板南線，且採用高架車站方式設置在金城公園內，占用金城公園的面積大為減少，又LG11站採用高架車站型式，車站下方空間尚可提供一般民眾使用，雖然使捷運軌道路線由原本直線改為彎道，但因捷運列車進出站的速度約為每小時20公里，且軌道兩側設置出軌防護緣石，萬大線也具備行車監控系統，於轉彎段列車將自動降速，且依自動列車保護系統（ATP）功能，列車一旦超速即自動緊急煞車，不會有影響行車安全的狀況發生，故無庸重新辦理環評。