鑒於所在的正受「」導致的嚴重乾旱影響，管理局（ＡＣＰ）廿日公告，自九月十五日起，每天允許通行的船舶數將減至卅二艘；其中「巴拿馬型」船減至廿三艘、「新巴拿馬型」船減至九艘。除此之外，每天通行名額的競拍機制也將有所調整。

除了上述兩招，ＡＣＰ也已採取其他因應措施，例如對大型船舶降低最大吃水深度。即在降雨充足的一般時期，最大型船舶的最大允許吃水深度可達五十英尺。但當乾旱或聖嬰現象造成為巴拿馬運河供水的人工湖水位下降時，ＡＣＰ就會逐步收緊。

乾旱嚴峻時期最大吃水深度一度調降至四十四英尺。即因船舶無法「滿載」通行而單趟運貨量大減，船公司往往會向托運方加收每箱從數十至數百美元的低水位附加費。

上述公告也寫道，ＡＣＰ已採取節水措施，但運河區的降雨仍不如預期，需進一步調整營運措施；必要時將全部或部分暫停通行預約系統。該系統允許船舶提前預約特定日期的通行名額，已預約完成卻因此遭取消的船舶則無需支付罰款、附加費或取消的費用。ＡＣＰ將持續監測氣象和相關水位變化，並視情況與時調整營運措施。

為了避開大型船舶高昂的通行費，包括美國能源巨擘雪佛龍的能源出口商開始改採分段運輸法，先讓較窄的巴拿馬型船，裝載美國出口的液化石油氣（ＬＰＧ）通行，再於巴拿馬運河太平洋側的巴爾博亞港外海，將船上的ＬＰＧ，移交給大型的新巴拿馬型船運往亞洲。這兩種船型使用不同船閘，巴拿馬型的通行費漲幅較小、新巴拿馬型的則激增。

船舶租賃資料數據顯示，雪佛龍租用的「Fritzi N號」及「Pacific Yantai號」兩艘新巴拿馬型ＬＰＧ船，預定在巴爾博亞港外海接貨。航運追蹤機構Kpler表示，今年以來美國出口的ＬＰＧ約六成運往亞洲，去年則是五成五。