紐約時報報導，雖簽署代表初步和平協議的十四點諒解備忘錄（），但雙方對內容解讀南轅北轍。認為有權決定哪些船隻可通過；則主張應維持自由航行。這項根本分歧如今已成為新一輪軍事衝突的核心，也阻礙區域國家推動和平斡旋。

政府簽署ＭＯＵ後，宣稱荷莫茲海峽已經重新開放，川普更在社群媒體呼籲「讓石油流通」。然而，ＭＯＵ第五點只要求伊朗「盡最大努力」確保商船安全通過海峽，並未明確保證所有航線均可自由、安全通行。文件最後還規定，伊朗將與阿曼及其他波斯灣沿岸國家討論海峽未來的管理與海事服務。美國前官員與外交專家指出，這等於承認伊朗在海峽治理中占有核心地位。

伊朗隨即援引協議，要求商船改走靠近伊朗海岸的北側航線，並向德黑蘭五月成立的波斯灣海峽管理局申請許可。美伊戰事最激烈期間，伊朗一度對每艘船收取最高兩百萬美元，聲稱用於安全與環境服務，但專家認為這實際上是變相徵收通行費。美伊ＭＯＵ雖禁止伊朗收費，但效期僅六十天，未解決長期管轄權問題。

美方則主張，商船可沿阿曼海岸南側航線通行。戰事期間，美國海軍透過無線電低調替商船引導航路，並提供部分空中掩護，船隻甚至關閉自動識別系統，以免遭伊朗偵測。五月初以來，為超過八百艘商船引路，協助運出約四億桶原油。美伊六月中旬停火後，海峽航運一度回升，自六月廿日起七天內，近四百艘船通過，創戰爭爆發以來單周新高。

但這套安排始終缺乏安全保證。伊朗上周在南側航線攻擊三艘商船，想迫使航運業改走北側伊朗領海；之後又向另一艘船開火並宣布關閉海峽，直到美國停止干預本地區。伊朗連續攻擊後，九日僅廿二艘船通過海峽。

航運公司面臨兩難：走南側航線，可能遭伊朗攻擊；改走北側航線，等於強化德黑蘭控制海峽的主張。阿爾卑斯宏觀首席地緣政治策略師阿拉馬留表示，隨著伊朗與美國動用軍力爭奪籌碼，航運公司的風險可能上升。阿拉馬留說：「問題是，哪一方會先撐不住：伊朗經濟，還是全球經濟？」