據蓋茲會官網數據，至2025年12月底，該組織信託資產總額已達890億美元，累計捐贈達900億美元，相較巴拿馬該年度的GDP為904.63億美元，該基金會儼然成為富可敵國的巨獸。龐大的財務實力也使其透過指定用途捐款，影響「世界衛生組織」（）資源配置與議題優先順序。

據英國醫學期刊（BMJ）2025年10月底刊出的論文，WHO的憲章明確揭櫫「人人享有可企及的最高健康標準，是每個人的基本權利之一」。該組織目前三大目標分別為：確保各年齡層健康生活與福祉、實現全民健康及因應突發公共衛生事件。

但WHO實現前述目標的能力卻受限於資金從何而來。世界衛生組織2024年與2025年的預算為68億美元，遠不足以實現其目標。何況，其預算來自於會員國繳納的會費與自願捐款。

美國總統川普2025年2月底宣布，將取消美國國際開發總署90%的對外援助合約，讓WHO等依賴美國援助的國際衛生與援助機構被迫尋找其他金主；然而，自願捐款中近9成要求用於捐助者所指定的用途，影響WHO議題順序。

指定用途捐款 限縮WHO資源運用彈性

該論文說，蓋茲基金會在2000年至2024年提供WHO總額達55億美元的640筆贈款，全數均指定用於特定用途。其中，45億美元的補助聚焦於傳染病，占該基金會援助WHO金額的82.6%，而又以32億美元用於小兒麻痺防治最大宗，占捐助WHO款項總額的58.9%。

論文指出，儘管非傳染性疾病、強化衛生體系，以及影響健康的各項廣泛因素，對WHO與全球公共衛生同樣至關重要，但蓋茲基金會投入的資金卻相對有限。

WHO指出，指定用途捐款限制WHO效率及提升資金運用效益的能力，包括基層醫療、全民健康、非傳染性疾病、心理健康及長期健康體系建設，容易因缺乏可自由運用的資金而不足。資金彈性不足在各層面都產生限制，尤以國家層級最為明顯，例如促進全民健康等工作歷來只有較少的捐款。

疫苗專利與COVAX 引爆全球南方質疑

此外，在新冠疫情期間，雖然蓋茲基金會支持疫苗研發與公私協力的做法，但全球南方倡議者向世界貿易組織提出暫時取消疫苗與藥物的專利保護，讓南方國家自主仿製，基金會則以專利是刺激研發的必要誘因，以及南方國家缺乏安全生產複雜疫苗的技術為由，反對全面豁免專利。

疫情初期，WHO提出COVID-19技術獲取池，希望建立自願性的全球開放技術共享平台；但蓋茲基金會卻支持疫苗全球取得機制（COVAX），採取與藥廠談判採購的市場慈善模式，不要求放棄專利或強制轉讓技術，導致南方國家只能被動等待分配，無法自主生產。

批評者說，蓋茲基金會過度信賴市場機制與私營企業，導致公共資金轉化為私人藥廠的專利。南方倡議者更抨擊仰賴西方藥廠施捨等於延續醫療殖民主義，造成高收入國家在疫情高峰期間囤積疫苗，南方國家卻只能陷入疫苗隔離。