今判決修法前的刑法第80條第1項第1、2款及第2項，關於害案件追訴權時效規定違憲，蔡宗珍、楊惠欽、朱富美提出不同意法律意見書，認為修正前刑法規定並無違憲，且原因案件追訴權時效既已依法完成，無論立法者、普通法院或憲法審查者，也均無從恢復已消滅的追訴權。

三名大法官認為，性犯罪的未成年被害人常因年齡、身心發展、依附關係及創傷反應等因素，無法於犯罪發生後即時認知或揭露，她們贊同立法者應盡速建立使被害人成年後仍有充分時間尋求刑事追訴的時效制度，而立法者也於今年七月修法，兒少被害人滿20歲前不計入追訴權時效，且新制適用於施行時追訴權時效已進行而未完成的案件，此次修法是我國未成年被害人性犯罪追訴制度發展的重要里程碑。

三人指出，立法院修法前，已有13件涉及未成年被害人性犯罪案件，因追訴權時效依法已完成，而未能再實體追訴，被害人聲請憲法審查獲受理後，原應有法定足額的大法官合法組成憲法法庭後，才得為實體評議、判決；遺憾的是，5位大法官仍執意以憲法法庭名義作成判決。

依三人一貫見解，意見書指出，本案判決因憲法法庭組成不合法，雖自始不生判決效力，但本件聲請案所涉及的追訴權時效制度、準據法選定及時效完成後法律效果等實體法律爭議，仍有予以闡明的必要，因此提出法律意見。

蔡宗珍、楊惠欽、朱富美指出，追訴權時效是法律對國家追訴、審判及實現刑罰所設定時間界限，制度內容涉及犯罪有效追訴、被害人保護、被告防禦權、刑事裁判正確性及法安定性等多重利益的權衡，原則上屬「立法裁量」。

再者，憲法並未預設特定犯罪應採取唯一的追訴權時效模式，國家對未成年性犯罪被害人的基本權保護義務，也無從直接導出特定的時效期間、起算點、停止進行或期間不計入的具體要求。

三人認為，本件憲法爭議核心並不在於國家是否應透過追訴權時效制度的改革，以更充分保護未成年性犯罪被害人；此項立法政策的正當性並無疑義。真正問題在於，國家為實現此一重大公益，是否得於追訴權時效依法完成後，事後否定既已發生的法律效果，而恢復對犯罪的追訴。

三人指出，刑法第80條歷次修正，均是立法者因應刑事政策、犯罪型態、實務經驗及被害人處境變化，重新權衡相關利益後，而調整、精進制度，各次修法前的規定無違憲可言，也不能修法後而構成違憲。追訴權時效尚未完成者，固然可以依法延長，時效已完成者則不得藉立法或司法手段，恢復已消滅的追訴權。

意見書也指出，兒少性犯罪被害人可能因身心發展、依附或權威關係、創傷反應及欠缺自主求助能力等因素，而有延遲認知或揭露犯罪的困境，晚近國際公約、歐盟法及各國立法，逐步發展被害人成年後仍有充分追訴期間、延後起算、停止進行、期間不計入或排除特定重大性犯罪時效等制度，但不能反向證成修正前規定違憲。

蔡宗珍、楊惠欽、朱富美認為，修正前規定既然並無違憲，本案原因案件追訴權時效既已依法完成，無論立法者、普通法院或憲法審查者，也均無從恢復已消滅的追訴權。