熊本縣這周發生過後，截至30日上午，中央發布的死亡人數持續多於地方的數據，曾造成混亂，原因是雙方統計方式不一。熊本縣政府已宣布，會修改統計方式以配合中央。

熊本縣本月28日下午4時27分（台北時間下午3時27分）發生規模7.1強震。熊本縣宇城市與冰川町觀測到最大震度7。

地震發生隔天的29日上午，日相高市早苗宣布這次地震總計有13人死亡，其中也包含當局正在調查是否死於災害的案例；不過，熊本縣政府當天上午在會議期間公布的罹難人數僅有3人。

共同社報導，地震過後第2天，也就是30日，內閣官房長官木原稔表示，有28人死亡，其中包含仍待確認的案例，不過熊本縣府同一天上午宣布的死亡人數僅有17人。

報導指出，雙方數字明顯不同，是因為日本中央是彙整警消整理的資訊後公布；熊本縣政府僅統計市町村死於地震的人數。

而熊本縣政府幹部在昨天下午的災害對策本部會議宣布，修改統計方式。熊本縣知事木村敬告訴媒體，「為了避免造成縣民不安，會與中央政府所公布的數字保持一致。」

木原昨天上午在例行記者會說明中央的因應時強調，「這是為了迅速向國民傳達災情的規模感」。他也表示，「數字最終會一致，不過中途會出現差異」。

「朝日新聞」報導，日本國家的防災基本計畫規定，罹難者數量「由都道府縣統一彙整與協調」。內閣府及政府相關人士說明，災區若發現遺體，警方雖會調查死因，但最終由地方自治體負責認定是否死於災害。而認定與調查時間，也會視遺體狀況而不同。

內閣府及政府相關人士也表示，警方把待確認的案例一併列入死亡人數，並通報給中央政府，中央政府則據此對外公布。因此，僅統計已認定為災害罹難者的熊本縣，與中央公布的人數便出現落差。