促進轉型正義委員會分別審定國民黨4286筆、80筆前總統「總裁批簽」為政治檔案，應移歸檔案管理局，國民黨不服分別提行政訴訟。針對80筆總裁批簽部分，一審國民黨敗訴，判決被最高行政法院廢棄發回更審。更一審今再判決國民黨敗訴，可上訴。

總裁批簽是蔣中正自1950年至1975年擔任國民黨總裁批示，或由黨秘書長與相關單位主管聯名所上簽呈的總稱；2019年審定4286筆總裁批簽，要求國民黨將檔案原件移歸檔案局，國民黨不服處分提行政訴訟，案件目前在北高行更一審審理中。

促轉會2020年間點收又發現80筆總裁批簽，再度審定為政治檔案，要求國民黨將總裁批簽原件移歸檔案局，國民黨提行政訴訟救濟。一審判決國民黨敗訴，最高行政法院廢棄判決，發回更審。

北高行更一審認為，政治檔案是還原歷史真相的重要基礎，且檔案原件為第一手文獻資料，具有唯一性及永久保存的稽評價值，可確保檔案的正確性及完整性，絕非複製品可以替代。

更一審指出，根據促轉條例規定，促轉會委員基於專業性，對於政黨持有威權統治時期的檔案，有判斷是否與228事件、動員戡亂體制、戒嚴體制具有關聯性的餘地，行政法院應尊重判斷，而採較低密度的審查。

更一審認為，80筆檔案已經國民黨、促轉會逐一提出是否與228事件、動員戡亂體制、戒嚴體制具有關聯性的說明，足以使法院核對辨明促轉會實質審視此部分檔案內容，認為促轉會處分認定檔案與相關案件及體制相關，而為政治檔案應移歸檔案局，處分並無違誤。