這次總裁選戰共十二天，由於選情緊張，五位候選人均以先設法進入次輪決選為目標，因此不到兩周時間，就出現不少爭議性的選舉操作。

以始終居於領先群的農相和前經濟安保擔當大臣兩人為例。日媒日前報導，小泉競選團隊成員、自民黨籍眾議員牧島花蓮的辦公室寄電郵給支持者，號召在日本熱門的影片分享網站Niconico影片上，寫些對小泉正面的留言。

有日媒痛批前述行為是「卑劣的秘密行銷」，即找暗樁偽裝為普通網友或顧客，故意在網路上灌水、刷正面或負面評價帶風向。還有日媒跟進後發現，有特定帳號在小泉召開記者會時短時間內狂發五百多則留言，例如「進次郎一定能辦到」、「就決定投小泉了」，每隔幾十秒就發一則。

被揭露後，小泉承認確有此事，並表示牧島已向他請辭，「坦言在應討論政策時造成混亂並不恰當」，還稱牧島「收到死亡預告，辦公室也接到爆炸的預告。她感到生命遭受威脅」，因此接受她的請辭。不過小泉也表明，「最終責任在我」。

此外，對日本社會近年來因外籍人士引發的爭議，高市九月在自民黨中央黨部發表演說時聲稱，日本現行制度有時會不公平，例如常聽到因口譯人手不足，所以在逮捕外國人後，因期限屆滿而被迫不起訴。有日媒詢問檢警人員後發現，沒聽過有她說的這種情形。

選區在奈良縣的高市於選戰期間另一項爭議發言，則是她九月與其他候選人同台發表演說時宣稱，有外國觀光客「踹奈良鹿」。然而日媒採訪奈良公園的外籍遊客、當地導遊與餐廳老闆，都表示沒看過有攻擊奈良鹿的觀光客。