遭檢調搜索，讓創辦人張榮發過世後，爆發的家族兄弟爭產、集團經營權角力與海空分家爭議，再浮檯面。過去十年，因為經營權之爭，曾上演黑道開槍對付老臣、如今又爆，屢屢讓這場延宕多年的家族紛爭成為市場關注的焦點。

檢調昨針對內線交易案展開搜索，此案在前年遭人檢舉、告發時，張榮發大房長子曾發表聲明強調，內線交易指控「子虛烏有」。聲明指出，二○二三年六月卅日長榮海運除息日，他以盤後鉅額交易買進長榮海運股票，是基於長期看好海運事業發展，並希望持續提高持股比重，相關交易均依法申報，至今持股未曾出售，也沒有出售計畫，絕無內線交易。

張國華並表示，早在二○一七、二○一八年長榮海運營運低迷、辦理兩次現金增資時，即投入大量資金認購，以實際行動支持公司發展，長期持有長榮海運股票的初衷從未改變。

對於外界質疑他與柯麗卿共同涉案，張國華當時也強調，有心人士濫用司法資源，刻意將其與他人連結，甚至影射存在其他共犯，相關說法均屬捕風捉影。

不過，長榮集團曾因經營權爭奪爆發恐嚇案。

二○一八年十二月十一日，張榮發基金會董事會在張榮發過世後首次改選，因不具董事身分、無開會資格，他妻子曾瓊慧的妹夫謝國獻帶人到場與保全發生衝突，連玻璃都打破。

當天柯麗卿行車路線被黑幫掌握，途中製造假車禍，先與柯的司機口角，還開車門持鎮暴槍向柯噴辣椒水，導致柯臉受傷，被載回集團醫務中心，基金會關鍵一席董事的柯麗卿因「意外」未到場，導致流會。

另名基金會董事長鍾德美也被黑道恐嚇，威脅若不辭職，住家會被放火，還會被拍裸照，另名老臣戴錦銓也被黑衣人跟蹤，董事會經多次改選仍無法完成。

檢警後來查出背後教唆黑道的是謝國獻，謝因此被判三年十月徒刑確定，前年五月發監執行，不久前向矯正署申請假釋，但遭駁回。