紐約時報報導，美伊雖簽署代表初步和平協議的14點諒解備忘錄(MOU)，但雙方對內容解讀南轅北轍。認為有權決定哪些船隻可通過荷莫茲海峽；則主張應維持自由航行。這項根本分歧如今已成為新一輪軍事衝突的核心，也阻礙區域國家推動和平斡旋。

川普政府簽署MOU後，宣稱荷莫茲海峽已經重新開放，川普更在社群媒體呼籲「讓石油流通」。

然而，MOU第5點只要求伊朗「盡最大努力」確保商船安全通過海峽，並未明確保證所有航線均可自由、安全通行。文件最後還規定，伊朗將與阿曼及其他波斯灣沿岸國家討論海峽未來的管理與海事服務。美國前官員與外交專家指出，這等於承認伊朗在海峽治理中占有核心地位。

目前通過荷莫茲海峽的船隻，使用至少兩條不同航道。一條是伊朗航道，也就是在伊朗水域中，由德黑蘭當局設定、位於海峽北方接近拉拉克島的航道。根據海運追蹤業者Kpler截至7月1日的數據，約32%通過海峽的船隻，使用這條水道。

第二條航道是阿曼航道。美方則主張，商船可沿阿曼海岸南側航線通行。戰事期間，美國海軍透過無線電低調替商船引導航路，並提供部分空中掩護，船隻甚至關閉自動識別系統，以免遭伊朗偵測。

Kpler分析師蘇巴西奇表示，這是一條非常狹窄的南側通道，「一側受阿曼海岸限制，另一側則是具有水雷風險的區域」。目前約有23%的船舶，使用這條由阿曼、聯合國及國際海事組織(IMO)協調、在6月宣布的臨時航線。

由西方海軍聯盟營運的聯合海事資訊中心(JMIC)，以及北約的商船航運合作與指導機制(NCAGS)，也會提供使用這條航線的指引。

分析師對法新社表示，近期關閉應答器通過海峽的船舶，大多傾向選擇阿曼航線。蘇巴西奇向法新社表示，這些船舶可能關閉應答器，是為了避免在「航經伊朗可攻擊範圍內時，持續廣播自身位置」。

美國與伊朗6月17日簽署合作備忘錄以來，至少已有五艘商船遭到攻擊，均是使用南側航線通過海峽的船舶；伊朗已表示不認可這條航線。

國際海事組織表示，其中三艘油輪在6日至7日間，於阿曼及阿拉伯聯合大公國外海遭到攻擊，引發美國與伊朗再度互相攻擊，並導致美國總統川普宣布停火已經結束。

船舶通過海峽時，必須依照所選航線遵循不同程序。伊朗航線由伊朗的波斯灣海峽管理局(PGSA)管理。戰爭初期，該機構曾向部分船舶收費，之後才允許這些船舶通行。

船舶若要通行，必須向PGSA局提出申請；申請獲准後，管理局會核發單次通行許可，有效期限最長為五日。

這明顯有別於與承平時期的常態大。此外，「聯合國海洋法公約」保障船舶在用於國際航行的海峽享有航行自由。然而，伊朗從未批准這項公約。

至於阿曼航線，蘇巴西奇向法新社表示，船舶應「與相關沿海國家協調、保持應答器開啟，並自行進行風險評估」。官方指引表示，船舶最好與北約商船航運合作與指導機制相互協調，但並非強制要求。通過這條狹窄航道的船舶，通常會分批航行，以避免壅塞及碰撞。

美伊戰事最激烈期間，伊朗一度對每艘船收取最高200萬美元，聲稱用於安全與環境服務，但專家認為這實際上是變相徵收通行費。美伊MOU雖禁止伊朗收費，但效期僅60天，未解決長期管轄權問題。 

但走美方安排的這套航路，始終缺乏安全保證。伊朗上周在南側航線攻擊三艘商船，想迫使航運業改走北側伊朗領海；之後又向另一艘船開火並宣布關閉海峽，直到美國停止干預本地區。伊朗連續攻擊後，9日僅22艘船通過海峽。

航運公司面臨兩難：走南側航線，可能遭伊朗攻擊；改走北側航線，等於強化德黑蘭控制海峽的主張。

阿爾卑斯宏觀首席地緣政治策略師阿拉馬留表示，隨著伊朗與美國動用軍力爭奪籌碼，航運公司的風險可能上升。阿拉馬留說：「問題是，哪一方會先撐不住：伊朗經濟，還是全球經濟？」