檢調千呼萬喚終於啟動超思進口蛋偵查作為，雖然民代告發相關案件有六案，但檢調先鎖定採購日本蛋部分是否涉及不法；檢調兩個偵辦重點分別是畜產會為何會與尚未成立的超思公司簽署「履約情形確認書」？超思為何僅以電話報價且購蛋單價高於亮采。
二○二二年農業部為解決蛋荒，補助畜產會辦理「一一一年度雞蛋緊急調度與產銷調節計畫」進口日本雞蛋，同年三、四月間由亮采生物科技負責進口，八至十一月間因日方代理商、亮采與超思間三方合作關係，改以「現貨購買」向超思採購十六批次、二千五百萬餘顆雞蛋。
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不過，根據監察院調查報告顯示，超思公司係於二○二二年九月五日成立，資本額五十萬元，隔天九月六日登記為進口廠商，畜產會於八月十五日竟與尚未成立的超思公司簽署「履約情形確認書」。另外，畜產會與超思未有合約關係，為何陸續與該公司簽署共十六次「履約情形確認書」，畜產會向超思公司購買雞蛋的程序確有可議。
第二個要調查的重點是，畜產會二○二二年下半年以無須檢據核銷細項金額的「現貨購買」方式向超思採購十六批次日本進口雞蛋，平均採購價格為每顆七點三九元，高於上半年向亮采採購的平均每顆六點九元，雖日本在二○二二年下半年雞蛋價格確實較上半年增長，但畜產會與日方代理商、同為超思公司聯絡人的吳諭非僅透過電話確認價金便逕行採購，跳過簽陳議價及訂定採購價金範圍作業等程序，有進一步調查釐清的必要。
此外，畜產會當時支付給亮采的購蛋金額為海關進口報單「到岸價格」近二倍，疑因二○二二年上半年亮采向海關申報的交易價格僅為雞蛋本身費用，未將日本當地製造費用如包材費、運費及出入庫費、保管費、手續費、集裝箱費等成本計入，當中廠商是否違反關稅法課徵關稅應計入項目相關規定，也有待調查。
