卓榮泰7日訪日並前往東京觀賞世界棒球經典賽（WBC），為1972年中華民國與斷交以來首次有現任行政院長訪日。日本共同社報導，中國外交部副部長孫衛東、中國駐日大使館幹部先後向日方提出抗議，日本駐中國大使金杉憲治表示，台灣方面說明此次為私人行程，日本政府沒有立場發表評論。

共同社報導，孫衛東7日晚間致電金杉憲治，對台灣行政院長卓榮泰訪問日本提出抗議。8日又傳出，中國駐日大使館幹部在東京向日本外務省亞洲大洋洲局長金井正彰表達抗議。對於抗議，金杉說明日本對台灣問題的立場並未改變，仍依據《日中共同聲明》。1972年的日中共同聲明中，中方表明「台灣是中國領土不可分割的一部分」，日本方面則表示「理解並尊重」這一立場。

中國外長王毅8日在全國人民代表大會期間舉行記者會，雖對日本提出批評，但未提及卓榮泰訪日或相關抗議。

去年夏天我國外交部長訪日時，中國外交部亞洲司長劉勁松也曾致電日本駐中國大使館次席公使橫地晃提出抗議。

朝日新聞報導，台灣的現任行政院長訪日，只有2004年時任院長游錫堃從中美洲訪問返台途中，以「颱風影響」曾造訪沖繩。

報導指出，基於對中國的政治顧慮，日方長期對台灣的總統、副總統、行政院長及外交部長等高層官員訪日，採取審慎態度。不過近年情況有所變化。現任總統賴清德在2022年7月還是副總統的時候，曾赴日出席前首相安倍晉三的葬禮。

2025年7月，外交部長林佳龍也以「私人行程」名義訪日，與就任首相前的高市早苗，及跨黨派國會議員聯盟「日華議員懇談會」會長古屋圭司等人會面。在中國以統一為目標、對台灣加強施壓的背景下，日台之間的政要往來近年明顯增加。