海軍位於巴林的基地是美國在海軍行動的中樞，自2月底至6月多次遭飛彈與無人機攻擊。華爾街日報報導，指出透過衛星影像、社群媒體影片，以及對現役與退役軍人的採訪分析發現，伊朗突破防禦的攻擊造成大規模損害，但並未公開承認。
美軍表示，這座名為「巴林海軍支援活動基地」（NSA Bahrain）的基地無人死亡，攻擊也未對作戰造成重大影響，但已撤離大部分人員，只保留少數人員留守。華爾街日報則發現，基地指揮總部、至少12棟建築物及2座衛星通訊終端設施受創嚴重。
美國政府4月要求商業衛星影像供應商限制公開美軍基地受損及戰區影像，使外界難以掌握完整損害程度。不過，知情美國官員透露，美國在中東唯一海軍基地遭受重創，加上區域內至少20處美國據點，包括軍事設施與外交設施遇襲，正促使美國重新評估在中東的整體部署。
巴林海軍支援活動基地分為三個區域，分別為艦艇作業為主的港區、設有行政與指揮建築的主要基地，以及租用的倉庫與附屬設施，估計整體建築成本約4億美元，三個區域均遭伊朗攻擊。
報導指出，巴林海軍支援活動基地是在伊朗尚未擁有這種精準飛彈與無人機武器之前興建，美伊戰爭暴露該基地的弱點。知情官員表示，軍方目前正考慮改造巴林基地、減少駐科威特與沙烏地阿拉伯的美軍規模，並將部分基地或基地功能西移，以遠離伊朗飛彈與無人機打擊範圍。遭攻擊的建築物可能不會重建，指揮與管制節點可能移至地下，軍事能力也可能分散部署於區域各地，但目前尚未作出任何決定。
美國軍方部分官員早在戰爭爆發前便曾警告，波斯灣地區的基地容易遭受攻擊。川普第一任期曾提出將基地西移的構想，但最終未付諸實行。美國如今所做出的決定，包括哪些設施要重建、哪些要放棄、要撤回到什麼程度，將決定未來一整個世代在中東的軍力部署。
